Declarada EPERT (Entidad Pública del Estado en Reforma o Transformación) según Ley 1615/00.
 Intervenida en Fecha 25 de abril de 2001, por Decreto P.E.N° 12.914.

A falta de Presupuesto, se gestionó promulgación de la Ley N° 1770 del 12 de Setiembre de 2001 “Que amplia el Presupuesto General de la Nación para el Ejercicio Fiscal 2001, Aprobado por Ley N° 1661, del 15 de enero de 2001, Ministerio de Obras Públicas y Comunicaciones – Ferrocarril Carlos Antonio López”. 

Promulgación de Ley N° 1857/2002, del presupuesto General de Gastos de la Nación para el Ferrocarril – “Que suprime 478 cargos quedando desvinculados igual número de funcionarios. Sin utilizarse la figura del Retiro Voluntario, ni su despido injustificado. 

Se previo en la ampliación del presupuesto para el segundo semestre del 2001, el pago de indemnizaciones de los cargos a ser suprimidos por la Ley N° 1857/02, y se consiguió la partida presupuestaria para el pago de gran parte de los funcionarios desvinculados. 

 Pago con presupuesto 2001 del 100% a 198 funcionarios desvinculados por supresión de sus cargos.
 Pago con presupuesto 2002 del 100% a 360 funcionarios desvinculados por supresión de sus cargos.

Se ha hecho la presentación del caso de Relocalización del Trayecto Encarnación – Gral. Artigas y el re- acondicionamiento del trazado hasta Villarrica, por parte de la Entidad Binacional Yacyreta, en compensación por la inundación de las vías ante el Consejo Nacional de Política Financiera y Económica, que derivó el tratamiento del tema a la Cancillería Nacional. 

El interés que despierta la posibilidad de contar con un ferrocarril como medio de transporte dentro de nuestro país, quedo plasmado luego del “Llamado a Expresión de Interés” dirigido a toda persona física o jurídica, que se llevó adelante en el primer trimestre del año 2.002. El resultado obtenido fue muy auspicioso, “28 interesados” se inscribieron en el registro habilitado para el efecto, lográndose ampliamente el objetivo de medir el grado de interés y la expectativa en relación al ferrocarril.

El 5 de junio de 2002, promulgación de la Ley N° 1932 “Que suspende la aplicación de la Ley N° 1615/2000 “General de Reorganización y Transformación de Entidades Públicas Descentralizadas y de Reforma y Modernización de organismos de la Administración Central””.

 Promulgación de la Ley n° 1.955/2002, del 03 de julio de 2002, “Que exceptua al Ferrocarril Presidente Carlos Antonio Lopez de la vigencia de la Ley N° 1932 “Que suspende la aplicación de la Ley N° 1615/2000, General de reorganización y Transformación de Entidades Publicas Descentralizadas y de Reforma y Modernización de Organismos de la Administración Central””. 

Solicitud al MOPC del Avaluo de los Bienes Inmuebles que integran el Patrimonio del Ferrocarril.
 Contratación de la Empresa OFER S.A. para la realización del Inventario y Codificación de los Bienes Muebles del Ferrocarril.

Inscripción  de la Sociedad Anónima en los registros públicos en fecha 10 de Setiembre de 2002, bajo la denominación de Ferrocarriles del Paraguay S.A. (FE.PA.S.A.), en los términos dispuestos por el Decreto del Poder Ejecutivo N° 17.061, del 30 de abril de 2002.

Desvinculación e indemnización del 100% de los funcionarios a diciembre de 2002, mediante Decretos del P.E. y efectivizados al 28 de febrero de 2003.

 A partir del año 2003 ya no se ejecutan recursos del Presupuesto General de Gastos de la Nación